近年来，西医学中医（简称西学中）再次兴起，以促进中医药发展。由于现代西医发展迅速，且结构分析理论体系较为容易接受，即所谓“看得见、摸得着”；而中医理论体系比较复杂，是古老的哲学体系，学起来比较费力，因而，比较功能医学的传统医学与结构医学的现代西医理论起源，对理解功能医学起到促进作用。由于几千年发展，中医著作浩如烟海，仅简述分析。

在早期，医学是人类通过观察、总结人类与疾病斗争得出经验，随后形成理论体系。

西方较早提出过“四体液病理学说”，认为有机体的生命决定于4种体液：血、黏液、黄胆汁和黑胆汁。

西医是随着解剖学（如整体解剖学、局部解剖学、病理解剖学、组织胚胎学、生理学、生理病理学等）的研究发展，而逐步发展起来的。

西医通过对组织器官结构一步步分析，人体是由各种物质组成的，如细胞、蛋白质、化学物质等，研究“正常”状态和“疾病”状态下机体的功能，形成了现代医学体系。

中医利用中国传统的哲学体系，基于古人对生命现象的长期观察、大量的临床实践，以及简单的解剖学知识而创立。结合“天人相应”、阴阳五行、六十甲子的年度变化、气血精液等而形成。

古人观天地白昼，白天有太阳，太阳出来照万物，有生机，天气热称为阳，相反即是阴。因此，白天为阳、夜晚为阴；正面为阳，背面为阴、表面为阳，里面为阴等。

所谓“气”，来源于“盘古开天地”：气之清清上升为天，气之浊浊下行为地。此外，结合古代组成世界上的基本元素“金、木、水、火、土”，逐渐形成完整的传统中医这个功能医学体系。

最早集中医理论与疾病之大成的书即《黄帝内经》。《黄帝内经》的“阴阳五行学说”“脉象学说”“藏象学说”“经络学说”“病因学说”“病机学说”“病证”“诊法”“论治”及“养生学”“运气学”等学说，奠定了中医的人体病因、生理、病理、诊断以及治疗的基础。

中医的人体生理、病理、诊断以及治疗是在中医传统理论基础上建立的体系。中医也有解剖学，在《黄帝内经·灵枢·经水》中记录了解剖观察人体脏腑的经验：“若夫八尺之士，皮肉在此，外可度量切循而得之。其死，可解剖而视之。其脏之坚脆，腑之大小，谷之多少，脉之长短，血之清浊……皆有大数。”随后的中医书籍也多有记载。《难经》有对胆、五脏、咽喉、膀胱、肛门的形态和重量的描述。五代时期道士烟萝子融合脏腑学说及道家的“内景学说”制出了《内镜图》，是中国历史上第一套人体内脏解剖图。宋代医学家吴简的《欧希范五脏图》、北宋医学家杨介的《存真图》等。这些均有“人体结构”的图示。

中医解剖学是根据中医功能医学的特点，研究五脏（心、肝、脾、肺、肾）、六腑（小肠、大肠、胃、膀胱、胆、三焦）和奇恒之腑（脑、髓、骨、脉、胆、女子胞），在现代医学看来属于“整体解剖学”，进一步丰富和验证中医理论。

在中医理论中，人体的各个部分都是相互关联、相互影响的。古人把“天地、日月星辰、山川河流、春夏秋冬等”视为一个闭环的整体运行的系统；人体也同样，人体各系统、脏器也是一个小的整体单位，这样就有了体内的阴阳、五行、气血等，人体功能要达到平衡，各个方面都平衡才是正常状态。比如，人在适宜的温度、湿度等环境里最舒适，过热、过冷、过湿、过燥均为失衡。因此，在诊治疾病上均是按照平衡理论实施。比如，阴虚阳亢、阴盛阳衰、气虚、血虚；具体到脏腑如肾阴虚、肾阳虚等，治疗原则“恢复平衡”。

在中医理论中，人体机能运作的核心动力源自“气血”。各系统、器官功能均依赖“气”的推动与“血”的滋养。

传统观念里，“血”由饮食精华化生，在经脉循环，如《黄帝内经》所述：“中焦受气取汁，变化而赤，是谓血。”血由饮食水谷精微与肾精，在脾、胃、心、肺、肾等脏腑协同下化生，滋养全身组织器官。同时，血也是精神活动的重要基础，影响人体精神状态。

中医的“血”概念不仅包含血液、淋巴液、细胞等，还涉及生化物质与生理功能，深刻揭示人体生命活动的复杂微妙状态。

中医的“气”，理解比较复杂。可理解为“气”是人体的发动机或发电站。“气”来源和分类也较为复杂。有“宇宙本原之气”“四时自然之气”等。重点是“人体之气”：《黄帝内经》系统阐述了“人体之气”的生成、分类、运行、功能以及病理变化等。

“人体之气”由先天、后天之精化生，并与肺吸入的自然界清气融合而成，是构成人体、维持人体生命活动的物质、能量、信息的总称，属于正气之类，具有抗御外邪的作用，故而“正气存内，邪不可干”“邪之所凑，其气必虚”。“气”包括了现代医学的维持生命活动的各系统、脏器功能，以及激素、氧气等各种物质的正常功能。

现代医学胚胎学，通过仪器可以清楚观察胎儿生长、发育的各个阶段。精子和卵子在母体结合（输卵管）受精，受精后8周（妊娠10周）内的人胚称为胚胎，为主要器官结构分化发育时期：受精后9周（妊娠11周）起称为胎儿，是各器官进一步发育逐渐成熟的时期。

在临床上，以孕妇末次月经第1日作为妊娠的开始，全过程约280日，即40周。以4周（一个妊娠月）为一个孕龄单位来描述胚胎及胎儿发由各系统器官形成：神经系统的形成——神经沟、神经管和脊索、早期隔膜的形成、心脏和其他原始结构的早期形成。胚胎第6周出现两条管道合并的心脏原基，虽然不具备心脏形态，但是已经开始跳动，之后，胚胎渐渐出现一条封闭的循环血管，胚胎开始制造自己的血液（包括其中的各种血细胞）。第7周神经管出现，后端部分形成脊髓，前端部分稍膨大，为脑的原基。第8周胚胎约长20毫米，心脏在腹侧呈一小突起，并轻轻跳动。

现代医学人体机能实施是由心脏形成自主跳动（窦房结）而推动血液循环的。人体形成后现心脏自主跳动，还有大脑中枢神经系统的调节及激素等调节。而传统中医都归结为“气”的作用。

中医胚胎发育：《黄帝内经》曰“人始生，先成精，精成而脑髓生，骨为干，脉为营，筋为刚，肉为墙，皮肤坚而毛发长，谷入于胃，脉道以通，血气乃行。”人最开始形成先天之精，生髓、骨、脉、筋、肉、皮、发。人出生之后，食物入胃，血气运行，营养全身，生命运转。

《太上老君内观经》曰：“父母之和合，人受其生。始一月为胞，精血凝也；二月成胎，形兆胚也；三月阳神其为三魂动而生也；四月阴灵为七魄长静镇形也；五月五行分藏，以安神也；六月六律定腑，用滋灵也；七月七精开窍，通光明也；八月八景神具，降真灵也；九月宫室罗布，以定精也，十月炁足；万象成也。”《产孕集》等也详细描述了胚胎发育的过程。比较胚胎发育，主要说明人出生后的个体机能运行的动力和相关因素。此外，到目前为止，尚无论证中医有“外周神经系统”。但是“气”包括了整个神经系统功能。