1952年，李中权在三反运动的影响下，从空3军的政委职务被调整为华北军区空军参谋长。尽管从军衔上来看，他仍然是正军级，但这两个职位的职能却截然不同：一个是主持全局的主官，另一个则是负责参谋工作的参谋长。这种职务的改变显然对他的权力和影响力产生了根本性的限制。

从这一时刻开始，他在军级评定、军衔授予以及未来职务晋升方面都面临了诸多困难。根据他的经历和任职情况，至少应该被评为正军级，甚至有资格晋升到准兵团级。然而，最终的评定却仅为副军级。在军衔授予方面，他本可以获得中将，但遗憾地却只能得到少将的称号。

李中权担任华北军区空军参谋长的三年之后，华北军区改组为北京军区，他得到提升，成为北京军区空军的副司令兼参谋长，这一职务从正军级跃升至副兵团级。这一晋升显然是空军司令员刘亚楼对他工作的认可与肯定，刘亚楼甚至建议取消对他在“三反”中受到的处分，而军委秘书长兼副总长黄克诚也认为对他的处罚过于严厉。也许正因如此，李中权的职务得以相应调整。

然而，就在1955年至1979年的14年期间，他的职务却始终没有太大变动。在五六十年代间，空军高层曾考虑将他提拔为济南军区空军司令员，但未能如愿。在那个特殊的时期，他多次代理书记的职务，主导北空的各项工作。

由于北空司令段苏权被调离，而政委又因病缺席，李中权作为第一副司令和副书记，暂时承担了党委书记的职责，全面负责北空工作。当政委康复后，他重新专注于军事事务。1957年，空军与防空军进行合并，罗元发被任命为司令，而李中权则被派往军事学院深造，1962年顺利毕业。尽管他希望能够回归陆军，然而上级却要求他继续留在原单位。1963年，罗司令住院期间，他再次被安排代理党委书记，掌管北空的工作，直至1966年。

在这个动荡的年代，空军首长曾与他面谈，认为他在北空担任代理书记多年，所做的工作相当出色。在常委会上，有人提议将他升任济空司令，但却因他被视为“危险人物”而未获通过。对能否成为一把手的质疑，让他意识到在权力游戏中，未必都能如愿。

随着政治运动的深入，李中权也遭遇了极大的困扰与压力，甚至有人对他施以暴力，令他在精神和身体上承受了巨大的痛苦。直到1971年，局势才略有好转；1975年，在空军副政委高厚良的关心下，对他的处理作出了最终结论。

不久后，他向有关部门提出了对1952年三反时处分的重新审查，经过总政部的详细审查，原本对中南军区发送的处理决定被撤销。1975年，他重新回到北空，继续担任副司令职务。1979年，他从第一副司令的职位转任南京军区空军政委，最终升为正兵团级职务。在南空任职四年后，依据干部年轻化的号召，他选择离休。按照离退休政策，他的待遇普遍得到提升，因此在离休时被按大军区副职的待遇对待。